Con el objetivo de formar una mentalidad culta, completamente nueva y revolucionaria en el proletariado, en las clases de la Universidad Popular José Martí se aplicaba el método dialéctico materialista. Estableciendo la dirección conjunta de profesores y obreros, en sus normativas destacó el reconocimiento al antidogmatismo, al método científico-pedagógico y a la justicia social.
Condenada y perseguida, sobre todo a partir de la dictadura machadista, la Universidad Popular José Martí se vio obligada a mover constantemente su sede. Desde la colina universitaria hasta diferentes locales sindicales como la Federación de Torcedores de La Habana, la Federación Obrera de Bahía, la Hermandad Ferroviaria y otros locales de Regla, Guanabacoa, Marianao y San Antonio de los Baños.
Sus aulas se expandieron al resto de las provincias cubanas a pesar de la represión y las enormes dificultades para la comunicación, propias de la época. Como parte de las actividades formativas, se organizaron ciclos de conferencias dominicales con temas sociales. Entre ellas sobresalió una disertación ofrecida por Mella en el cine Wilson.
En enero de 1926, cuando Mella salió clandestinamente para México, encargó a Villena la dirección de la Universidad Popular José Martí. Rubén se convirtió rápidamente en el principal conductor de los cursos regulares y en eficaz organizador de las actividades extraescolares. Asumió la docencia de las asignaturas Legislación Obrera y Antiimperialismo, que Mella había ofrecido hasta su encarcelamiento. Bajo el liderazgo del poeta de la Pupila Insomne, en 1927 se creó la revista América Libre, como órgano oficial de la universidad de los trabajadores.
En franco desafío a las persecuciones y a la represión del régimen de Gerardo Machado, la Universidad Popular y su órgano difusor mantuvieron sus actividades hasta el 12 de julio de 1927, en que fueron clausurados. Trataron así de privar a los obreros de la única opción de superación personal que tenían en aquella República Neocolonial.
