Inició los estudios primarios en Puerto Príncipe, y obtuvo el título de Bachiller en el Instituto de Matanzas en 1891, y los de Licenciado y Doctor en Filosofía y Letras, por la Universidad de La Habana, en 1892 y 1893.
Con tan solo 11 años aprendió el latín, el griego, el inglés, el italiano, el francés y el alemán.
Desde muy temprano, mostró su afición por la literatura, ya en el año 1867 comienza sus colaboraciones literarias en El Fanal, de su ciudad natal.
Luego del fatídico Pacto del Zanjón en 1878, se radica en La Habana, donde fue asiduo y destacado colaborador de la Revista de Cuba. A partir de 1885 y por espacio de una década, fundó y dirigió la Revista Cubana, donde desplegó una labor caracterizada por el ideal separatista. Con motivo del estallido de la Guerra de Independencia, en 1895, emigra hacia los Estados Unidos y en Nueva York se hiace cargo de la dirección del periódico Patria tras la muerte de José Martí en Dos Ríos.
Allí desarrolló una activa labor a favor de la independencia de Cuba, hasta su regreso en 1898. Fue el autor del conocido “Plan Varona”, que tuvo por objetivo acometer el proceso de modernización de la enseñanza. Como profesor de la Universidad de La Habana, ocupó la Cátedra de Lógica, Psicología, Ética y Sociología.; también fue Miembro de la Academia Nacional de Artes y Letras, de la Real Academia de Ciencias Médicas, Físicas y Naturales de La Habana, de la Sociedad Antropológica de la Isla de Cuba, de la cual ocupó el cargo de Presidente, así como Catedrático Honorario de la Universidad de La Habana y Presidente de Honor de la Academia de la Historia de Cuba.
Dictó numerosas conferencias acerca de los temas más variados, como la referida a El imperialismo yanqui en Cuba que pronunciara en la Academia de Ciencias de La Habana en 1921, y prologó distintos libros, entre ellos las Poesías de Luisa Pérez de Zambrana, publicado en La Habana, en 1920. Sus obras han sido traducidas al inglés, al francés y al italiano.

